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Das Wasser trägt eine entscheidende Rolle in der Entwicklung Flensburgs. Es begann vor etwa 1000 Jahren mit einer kleinen Fischersiedlung. Im 16ten Jahrhundert war Flensburg eine wichtige Handelsstadt. Mit einer Population von etwa 5000 und ca. 200 Schiffen, war die Hafenstadt das größte Handelszentrum der dänischen Krone, wichtiger als Hamburg oder Kopenhagen zu der Zeit. Während des 30-Jährigen Krieges 1618-1648 und den Nord Kriegen von 1712-1721 in Schleswig-Holstein nahm die Bedeutung Flensburgs enorm ab. Ende des 18ten Jahrhuderts, unter dem Schutz des dänischen Königs Christian VII, segelten flensburger Schiffe bis nach Westindien und brachten Waren wie Rohrzucker, Tabak und Rum als Halbfabrikate zurück, um diese in Flensburg zu veredeln. 1795 besteht die Handelsflotte aus 295 Schiffen. Nach dem 1. Weltkrieg wird die aktuelle Deutsch-Dänische Grenze Festgelegt. Nordschleswig geht an Dänemark und Flensburg wird zur Grenzstadt. Der Hafen spielt heute keine entscheidende Rolle mehr für den Handel, jedoch hat Flensburg immer noch das Flair einer alten Hafenstadt. Neben der Werft, die 1872 gegründet wurde und heute sehr erfolgreich RoRo-Schiffe baut, gibt es Yachthäfen, einen Museumshafen mit etwa 20 seetüchtigen alten Schiffen, eine Museumswerft und das letzte seegehende Passagierdampfschiff Deutschlands ("ALEXANDRA" gebaut 1908).